1893’te El Salvador’un La Libertad bölgesindeki Teotepeque’de doğdu. Pedro Marti ve karısı Socorro Rodriguez de Marti’nin ondört çocuğunun altıncısıydı. 1913’de, olağanüstü başarı göstererek tamamladığı lise öğreniminden sonra, hukuk ve sosyal bilimler öğrenimi görmek üzere El Salvador Ulusal Üniversitesi’ne girdi.
Şubat 1920’de Orta Amerika’nın birliği için, Guatemalalı ve Salvadorlu öğrencilerin San Salvador’da yaptığı ortak toplantıda yakalanarak hapse atıldı. Serbest bırakılması kararına, tüm arkadaşlarının serbest bırakılmadığı gerekçesiyle direnince devlet başkanı Jorge Melendez’in emriyle Guatemala’ya sürüldü. Burada kendi isteğiyle duvarcılık, tarım işçiliği, özel öğretmenlik gibi işlerde çalışarak halkın sefalet, özlem, sevinç ve üzüntülerini yakından tanıma fırsatı buldu. Bu arada, uzunca bir süre de Meksika’da kaldı. 1925’te kurulan Orta Amerika Sosyalist Partisi’nin kurucuları arasındaydı.
1925-1928 arasında, 21 Eylül 1924’te kurulmuş olan El Salvadorlu İşçiler Yerel Federasyonu’nda çalıştı. Koyu renkli derisinden dolayı mücadele arkadaşlarının “Siyah Marti” diye adlandırdıkları Marti, iyi bir örgütleyici ve ajitatör olarak kendini gösterdi. 1928 ilkbaharında Antiemperyalist Birlik toplantısına katılmak için gittiği New York’ta polisin bu uluslararası örgütün bürosuna yaptığı baskında yakalanarak kısa süre gözaltında tutuldu. Serbest bırakılınca önce El Salvador’a, oradan da Nikaragua’ya geçerek Augusto Cesar Sandino’nun yanında Amerikan emperyalizmine karşı silahlı mücadeleye katıldı. Onun en çok güvendiği yardımcılarından biri durumuna geldi ve gösterdiği yararlılıktan dolayı kendisine Nikaragua’nın Ulusal Bağımsızlığının Savunma Ordusu’nun albaylık rütbesi verildi. “Eğer tarih kalemle yazılamıyorsa, silahla yazılmalıdır!” görüşünde olan Marti, bir süre sonra Sandino’nun ordusundan ayrılarak, Ekim 1929’da Meksika’ya geçti.
Haziran 1930’da Meksika’dan sınır dışı edildi ve dünya çapında bir devrimci dayanışma örgütü olan Uluslararası Kızıl Yardım temsilcisi olarak ülkesine döndü. El Salvador Komünist Partisi saflarında yükselmekte olan mücadeleye katıldı. Aralık 1930’da, başkanlık seçimleri arefesinde düzensizlik yaratır kuşkusuyla tutuklandı. Bunun üzerine açlık grevine başlayan Marti, bir gemiye bindirilerek sürgüne gönderildi.
Ocak 1932’de seçim aldatmacasından sonra, kitlelerin darbeyle iktidara gelmiş olan askeri yönetime karşı büyümekte ve yaygınlaşmakta olan tepkileri El Salvador Komünist Partisi’nin ayaklanma kararı almasına yol açtı. Askeri önderliğe Marti getirildi. Ayaklanmadan birkaç gün önce yakalandı. Ayaklanmanın kanla bastırılmasından sonra iki arkadaşı ile birlikte 1 Şubat 1932’de kurşuna dizilerek öldürüldü.